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修正發布「公司研究與發展及人才培訓支出適用投資抵減辦法審查要點」第7點


公司投資於研究與發展及人才培訓支出得依促進產業升級條例第6條第2項規定適用投資抵減,前開條例規定雖已於98年底施行屆滿,惟為利公司及稅捐稽徵機關後續申報審查程序之進行,經廣泛徵詢各界意見,修正發布「公司研究與發展及人才培訓支出適用投資抵減辦法審查要點」第7點規定(如附件),明定公司研發成果提供國外或大陸地區關係企業製造使用,其研究發展支出投資抵減之認定原則,使徵納雙方有一致之原則可遵循。  
財政部賦稅署說明,公司投資於研究發展之支出,得依法適用投資抵減,且研發成果應以專供公司自行使用為原則,如供他人製造使用者,依照交易常規,應取得合理之權利金或其他合理之報酬。於此原則下,公司之研發成果提供國外或大陸地區關係企業製造產品並銷售予他人者,公司自應收取權利金,且應依移轉訂價之相關規定辦理。 
 賦稅署進一步說明,如交易型態為公司負責研發、收受訂單及銷售,其研發成果提供予代工生產之國外或大陸地區關係企業製造或使用,則該公司雖未實際收取合理之權利金或其他報酬,但如能提示足資證明該研發成果所反映之合理利潤已留於該公司,且依規定備妥移轉訂價文據,經稅捐稽徵機關查核屬實,係屬以其他型態取得合理報酬之情形,應准予適用投資抵減。  
賦稅署表示,本次修正公布「公司研究與發展及人才培訓支出適用投資抵減辦法審查要點」第7點規定,可強化公司及稅捐稽徵機關審認研究發展支出活動之一致性,解決徵納雙方對於是類支出適用投資抵減之爭議,達到落實獎勵政策及疏減訟源之目標。
公司於財政部98年9月17日台財稅字第09800257300號令發布前將97年度員工分紅估計數列報為97年度研究與發展支出投資抵減,經調整補稅部分,可免加計利息公司發放予研究發展單位專門從事研究發展工作之全職人員員工分紅及以公司權益商品價格基礎之給付方式(如發行員工認股權憑證、現金增資保留部分股份供員工認購、買回庫藏股轉讓予員工等)獎酬員工,其屬營利事業所得稅查核準則第71條規定之薪資支出者,依據財政部98年9月17日台財稅字第09800257300號令核釋,必須以各年度實際發放或員工實際執行數額適用研究與發展支出投資抵減。  
按「公司研究與發展及人才培訓支出適用投資抵減辦法審查要點」附表有關研究發展單位專門從事研究發展工作之全職人員薪資之認定原則規定,薪資支出之認定係以營利事業所得稅查核準則第71條規定之範圍為準;而有關員工分紅、發行員工認股權憑證、現金增資保留部分股份供員工認購、買回庫藏股轉讓予員工等獎酬制度,財政部自93年起已陸續發布解釋令核釋可核實認列為公司之薪資支出,自營業收入項下減除,至於該等支出可否適用投資抵減, 
 財政部係以98年9月17日台財稅字第09800257300號令核釋可予適用投資抵減,惟應於實際發放或員工實際執行年度適用。倘公司於97年度預估員工分紅費用並申報適用投資抵減,惟實際發放或員工執行年度為98年度,則應補徵97年度稅額。
財政部賦稅署表示,鑑於上開補徵稅額應否加計利息一併徵收,徵納雙方尚有疑義,財政部乃明確核釋,公司於財政部98年9月17日台財稅字第09800257300號令發布前,將屬研究發展單位專門從事研究發展工作全職人員之員工分紅估計數列報為97年度研究與發展支出並適用投資抵減者,其經稽徵機關依該令規定調整核定補徵之稅額或公司自動更正申報補繳之稅額,無須依所得稅法第100條之2及稅捐稽徵法第48條之1加計利息。附件:財政部99年4月15日台財稅字第09900036700號令。